Pada awalnya Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Langsa berstatus swasta, yang didirikan dan dikelola oleh masyarakat, MTsN 1 Langsa didirikan pada awal tahun ajaran 1980/1981 oleh suatu panitia kecil yang terdiri dari tokoh masyarakat, Ulama, Pakar pendidikan dan unsur pejabat Departemen Agama Aceh Timur atau Kota Langsa sekarang, tokoh-tokoh pendiri pada masa itu antara lain : H. Hasan. ZZ, BA, Hj. Nurmala Bintang, Rusiah, BA, Tgk. H. M. Djamil Hanafiah, BA, Mubin Nasution, Amiruddin, BA, Tgk. M. Arifin Amin, BA, Ahmed Busra, BA, H. Ibrahim Daud.
Pada tahun pertama pembukaan, Madrasah Tsanawiyah Swasta Langsa terdaftar siswa sebanyak 13 orang yang berasal dari lulusan Ibtidaiyah dan Sekolah Dasar yang berada di wilayah Kota Langsa, karena itu pejabat Kepala MTsS Langsa pada waktu itu diberi nama MTs tersebut MTs 13 atau identik dengan rukun dalam shalat ada 13 perkara, sehingga sampai sekarang ada orang yang menyebut dengan MTs 13, walau sudah dinegerikan menjadi MTsN.
Lokasi MTs 13 tersebut terletak di desa Gampong Teungoh Kecamatan Langsa Timur dan setelah pemekaran menjadi Kecamatan Langsa Kota, ruang belajar terdiri dari 6 lokal bekas gedung PGAS (Pendidikan Guru Agama Swasta) yang sekarang beralih fungsi menjadi MAS Gampong Teungoh, yang kemudian direlokasi dengan dibangunnya gedung baru tersendiri yang terletak di Gampong Baroh Langsa Lama Kecamatan Langsa Timur, setelah pemekaran menjadi Kecamatan Langsa Lama sekarang.
Mengenai tenaga pengajar pada MTs 13 terdiri dari guru bantu, yaitu guru SMP, SMA, MAN dan Pesantren Bustanul Ulum Langsa, disamping itu ada 3 orang guru tetap yang diperbantukan dan 1 orang tenaga administrasi yang ditugaskan oleh Departemen Agama pada waktu itu, yaitu : Nurmala Bintang, BA, sebagai Kepala/Guru, Rusiah, BA (guru) dan T. Helmi, SM Hk sebagai Tata Usaha. Dalam perjalanannya MTs 13 Langsa sejak didirikan dari tahun ke tahun, menunjukkan perkembangan dan kemajuan yang signifikan, baik dari segi kuantitas maupun kualitas, hal ini disebabkan antara lain adalah letaknya yang strategis, tidak jauh dari pusat Kota Langsa, kedisiplinan, keunggulan dalam beberapa bidang termasuk bidang kesenian, olahraga, pidato dan bidang akademik, serta kerjasama yang harmonis antara pihak sekolah dengan masyarakat.
Pada tahun 1991, pegurus / panitia pendiri dengan pimpinan madrasah dan komite madrasah sepakat mengusulkan ke Departemen agama RI untuk mengubah status dari swasta menjadi status dinegerikan. Usulan tersebut mendapat respon yang serius dari pemerintah, dalam hal ini menteri agama RI yang ketika itu dijabat oleh Munawir Syazali, menurunkan SK penegerian dari status MTs Swasta menjadi MTs Negeri dengan SK Menteri Agama RI No. 244/1993, tanggal 25 Oktober 1993, dan berdasarkan KMA 670 Tahun 2016 Tentang Perubahan Nama-Nama Madrasah maka MTsN Langsa berubah nama menjadi MTs Negeri 1 Langsa.
MTs Negeri 1 Langsa sejak didirikan sampai sekarang telah dipimpin oleh 6 orang kepala madrasah yaitu :
Dalam penilaian Badan Akreditasi Nasional Sekolah / Madrasah, MTs Negeri 1 Langsa mendapatkan nilai A (Unggul) dengan skor penilaian 91 dengan SK No. 1346/BAN-SM/SK/2021 tertanggal 8 Desember 2021.